TouTubeでコロナの国別感染者数の棒グラフがレースのようにアニメーションになっている動画があったのですが、視覚的に分かりやすかったためPythonでできないか調べていたところ、PyPiに使いやすいライブラリが登録されていたため紹介したいと思います。
Bar Chart Race
2020年の6月にPyPiに登録されたBar Chart RaceというライブラリでDataFrameから簡単に棒グラフのレースアニメーションを作成することができます。バージョンは0.1ですが問題なく使えるレベルのものだと思いました。
https://pypi.org/project/bar-chart-race/
インストールはpipの場合は以下、
pip install bar_chart_race
また、condaを使用する場合は以下のとおりとなります。
conda install -c conda-forge bar_chart_race
私はUbuntu18.04のPython3.8で実行したのですが、別途ffmpegが必要となりました。現時点で他のOSでは動作確認していません。
sudo apt install ffmpeg
pip install ffmpeg
コロナの国別感染者数の棒グラフ
それでは早速使ってみたいと思います。大まかな処理の流れは以下のようになります。
データのダウンロード
まず、国別の感染者数の時系列CSVデータを入手します。色々ソースがありますが私は以下サイトのTotal confirmed casesを借用しました。
Coronavirus Source Data
DataFrameへの変換
次にpandasでCSVデータをDataFrameに変換します。データ形式は1列目が日付、それ以降が国別となっています。1列目のdateをindexとして使用します。全ての国を対象とすると少し動作が重くなるため、今回は主要な国を10日おきにピックアップします。
Bar Chart Raceで描画する
あとはBar Chart Raceのbar_chart_race関数にDataFrameを指定して実行するとmp4形式の動画を得ることができます。
コード例
以下のサンプルはこれらの処理を記述したものです。カレントディレクトリにファイルをダウンロードしています。
import requests
import pandas as pd
import bar_chart_race as bcr
# CSVデータをダウンロードする
r = requests.get('https://covid.ourworldindata.org/data/ecdc/total_cases.csv')
with open('covid19.csv', 'w') as f:
f.write(r.text)
# DataFrameにする
raw_df = pd.read_csv('covid19.csv', index_col='date', parse_dates=['date'])
# 主要な国を抽出、10行置きのDataFrameを抽出
df = raw_df.loc[:, ["Brazil", "China", "France", "India", "Iran", "Italy", "Japan", "Spain", "United Kingdom",
"United States"]].dropna()[::10]
# アニメーションをmp4で保存する
bcr.bar_chart_race(
df=df,
filename='sample.mp4',
orientation='h',
sort='desc',
n_bars=6,
fixed_order=False,
fixed_max=True,
steps_per_period=10,
interpolate_period=False,
label_bars=True,
bar_size=.95,
period_label={'x': .99, 'y': .25, 'ha': 'right', 'va': 'center'},
period_fmt='%B %d, %Y',
period_summary_func=lambda v, r: {'x': .99, 'y': .18,
's': f'Total confirmed cases: {v.nlargest(6).sum():,.0f}',
'ha': 'right', 'size': 8},
period_length=500,
figsize=(5, 3),
dpi=144,
cmap='dark12',
title='COVID-19 Total confirmed cases by Country',
title_size='',
bar_label_size=7,
tick_label_size=7,
scale='linear',
writer=None,
fig=None,
bar_kwargs={'alpha': .7},
filter_column_colors=False)
実行すると以下動画のようなmp4ファイルを得ることができます。比較された増加状況が視覚的に表現できるのが良いと思いました。
上のサンプルは以下の公式サンプルをカスタマイズしました。その他パラメータやカスタマイズ方法も以下で詳しく解説されています。
bar_chart_race
